Сейчас закатал эту дорожку mkvmerge вообще без постановки времени задержки (только поставил ей галочку forced) - и о чудо, всё заработало как надо!
Но вот если проигрывать данную звуковую дорожку этим же плеером (MPC-HC x64), как отдельную (просто поместив в одну папку, плеер её видит если название идентично названию файла фильма) - то получается что видео значительно опережает аудио. В чём тут дело - не понял.