В общем случае все делается в аудио редакторе вроде SoundForge или Adobe Audition.
Дорожки надо распаковать и заменить фрагменты одной дорожки на фрагменты другой дорожки. Потом сжать обратно в AC3.
В принципе можно и не распаковать исходную дорожку. AC3 поток состоит из кусков по 32мс. Любые монтажные операции без пересжатия осуществимы лишь с кратностью 32мс. Чтобы заменить фрагмент нужно будет исходный фрагмент из некоторого количества 32мс кусков заменить на другой. Вряд ли дорожки идеально совпадают чтобы можно было взять фрагмент из второй дорожки. Скорее всего её придется распаковать и синхронизировать с исходной. Тогда можно будет после сжатия в AC3 взять готовые фрагменты на замену.
В обоих случаях надо быть очень аккуратным чтобы не было накладок в местах склейки.
Еще раз спасибо.