Самостоятельно дам не ответ, но материал по теме.
Из адекватных ответов по интернету нашёл только утилиту на C++, которая позволяет произвести сдвиг (delay) субтитров:
https://github.com/MonoS/SupMover (также есть возможность кропнуть вшитые изображения (не смотрел, что это и как работает) и произвести ресинк субтитров полностью).
Для своей цели внёс минимальные изменения в код, чтобы производить сдвиг только тех субтитров, которые идут после обозначенного времени (т.е. утилита запускается с параметрами "x y", где x — миллисекунды сдвига, y — миллисекунды тайм-кода, после которого делается сдвиг для субтитров), после чего в автоматическом скрипте прогоняю сабы через утилиту для каждого куска тишины с конца.