Мацумото родился в городе Кокура (ныне — в составе Китакюсю). Его настоящее имя — Киёхару Мацумото, "Сэйтё: " — китайско-японское чтение символов его имени. Родился в простой семье и был единственным ребёнком своих родителей. После окончания школы поступил на работу в компанию, оказывающую коммунальные услуги.
Участвовал в литературном кружке металлургического завода Явата Сэйтэцу. В юности читал много революционных брошюр. Был сторонником левого движения, сотрудничал с журналами «Левый фронт» и «Боевое знамя». В связи со своей деятельностью был арестован в 1929 году и помещён в тюрьму города Окура.
До того, как посвятить себя литературе, сменил немало профессий. В частности, работал дизайнером рекламных объявлений в газете Asahi Shinbun. Работу в газете прервала Вторая мировая война. В составе медицинского батальона Мацумото служил в Корее. После окончания войны он вернулся в газету, а в 1950 году перевелся в редакцию в Токио.
Несмотря на то, что Мацумото не получил ни специального, не высшего профессионального образования, он прекрасно писал.
Первые произведения Мацумото появились в 1950-х годах, первые детективные романы появились в 1955 году. Литературный дебют Мацумото был высоко оценен в Японии и в 1956 году завоевал литературную премию Клуба писателей детективного жанра, учреждённую Эдогавой Рампо в 1947 году.
Мацумото написал исторические романы и научную литературу в дополнение к мистическим рассказам и детективам. Он сотрудничал с режиссёром
Ёситаро Номура для адаптации восьми из его романов, включая
"Песочный За́мок", который считают одним из шедевров японского кино.
—
Точки и линии — детективная история самоубийства двух влюблённых в знаменитом японском лесу Аокигахара.
—
Стена глаз — криминальный роман о мафии, мошенниках и аферах.
—
Флаг в тумане — философский детектив с чёткими реминисценциями на «Преступление и наказание».
