на самом деле эта программа Прога winmen 0.81
http://winmenc.blogspot.co.il/ - на менкодере , создает батч командной строки запуска менкодера, саму строку можно увидеть, нажав на кнопку Export bat. поскольку, как я понял, вам нужно как бы для сериалов, вырезать вначале сколько времени и в конце, то для этого используется опция Extra. нужно указать начальный момент Start at и длительноcть вырезаемого куска Duration.
в настройках видео и аудио тогда выбирается опция кодирования Copy. а файлы простро перетаскиваются в первый раздел Batch. Выбирается диск, куда сохраняются файлы output foulder. и жмется Encode. Разумеется, тут можно кодировать в любой формат, выбирая нужный профиль, в том числе можно заменять аудио своим внешним файлом, в опции Extra - Extra command - вставить: -audiofile "D:\myfile.mp3" - произойдет замена аудио на мойфайл аудио. можно вставить и собственные субтитры только чтоб название файла субтитров было тем же, что и у видеофайла, с расширением, ВЫБРАННЫМ в разделе Субтитры и в нужной кодировке
