Я тоже создаю CD и на транспорте через ЦАП слушаю. Никогда ни щелчков ни других проблем не было. Может забываете 2-х сек. паузу между треками убрать? (Неро)
Для создания СD (из flac) я использую софтину Burrrn, там без всяких пауз. Речь шла о щелчках в момент перехода трека в трек, когда тема плавно перетекает в другую.