Gaussian 09 Rev B.01 for Linux EM64T

Ответить
 

romaniz

Стаж: 16 лет 9 месяцев

Сообщений: 12


romaniz · 16-Окт-09 00:50 (15 лет 11 месяцев назад)

В ЛС:
входной файл
cat /proc/cpuinfo
uname -a
Попробую подумать..
[Профиль]  [ЛС] 

seggah

Стаж: 17 лет 8 месяцев

Сообщений: 373

seggah · 30-Окт-09 16:50 (спустя 14 дней)

romaniz писал(а):
смотреть mdutil.c и mdutil.F (на трекере есть исходный код g03)
L=Linux
например, EM64M - сборка под MacOS
скорее, L - Long или Legacy, а M - mixed какая-нибудь
[Профиль]  [ЛС] 

Latency

Стаж: 17 лет 4 месяца

Сообщений: 50

Latency · 26-Ноя-09 19:59 (спустя 27 дней)

А для окошек нету? той же 64-х битной?
Или я чего то не догоняю?
[Профиль]  [ЛС] 

sv1956

Стаж: 16 лет 10 месяцев

Сообщений: 3


sv1956 · 27-Ноя-09 17:32 (спустя 21 час, ред. 27-Ноя-09 17:32)

Ребята, а как же его инсталлировать... подскажите чайнику ! У меня open SUSE 11.0
пожалуйста !!!
Sonnabend
У тебя тоже SUSE... может подскажешь как запускал ?
[Профиль]  [ЛС] 

Гость


Гость · 27-Ноя-09 21:03 (спустя 3 часа)

а исходные тексты G09 в наличии есть?
 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 27-Ноя-09 21:37 (спустя 34 мин., ред. 02-Дек-09 11:29)

sumo1974 писал(а):
а исходные тексты G09 в наличии есть?
Нет.
[Профиль]  [ЛС] 

vladik117

Стаж: 16 лет 4 месяца

Сообщений: 10

vladik117 · 29-Ноя-09 12:47 (спустя 1 день 15 часов, ред. 29-Ноя-09 12:47)

romaniz писал(а):
А откуда взялась аббревиатура EM64L ?
EM64T (Extended Memory 64 Technology) а L в конце ето Linda чтоли
[Профиль]  [ЛС] 

Гость


Гость · 02-Дек-09 08:13 (спустя 2 дня 19 часов, ред. 02-Дек-09 08:13)

y_sigal писал(а):
sumo1974 писал(а):
а исходные тексты G09 в наличии есть?
Есть. И даже их расчеты на Itanium.
а не поделитесь исходными текстами пожалуйста!???
а линда в исходниках тоже есть??
 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 02-Дек-09 11:28 (спустя 3 часа)

sumo1974 писал(а):
y_sigal писал(а):
sumo1974 писал(а):
а исходные тексты G09 в наличии есть?
Есть. И даже их расчеты на Itanium.
а не поделитесь исходными текстами пожалуйста!???
а линда в исходниках тоже есть??
Я слово "тексты", прочитал как "тесты". Думаю, что они долго теперь не появятся: Китаю за эту G09 забанили академическую лицензию.
[Профиль]  [ЛС] 

qwerty_1

Стаж: 17 лет 3 месяца

Сообщений: 102


qwerty_1 · 02-Дек-09 15:01 (спустя 3 часа)

Для Windows нужно, линукса нет и использовать его не планирую.
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 02-Дек-09 16:47 (спустя 1 час 46 мин., ред. 02-Дек-09 16:47)

qwerty_1 писал(а):
Для Windows нужно, линукса нет и использовать его не планирую.
Тогда долго ждать придется в связи с тем что я выше написал. И скорость у нее в 2 раза ниже, чем у линюксовой, и только для x86, т.е. ограничения по оперативной и дисковой памяти.
[Профиль]  [ЛС] 

Гость


Гость · 03-Дек-09 18:39 (спустя 1 день 1 час)

y_sigal писал(а):
sumo1974 писал(а):
y_sigal писал(а):
а не поделитесь исходными текстами пожалуйста!???
а линда в исходниках тоже есть??
Я слово "тексты", прочитал как "тесты". Думаю, что они долго теперь не появятся: Китаю за эту G09 забанили академическую лицензию.
жаль, а я уж обрадовался...
 

vladik117

Стаж: 16 лет 4 месяца

Сообщений: 10

vladik117 · 04-Дек-09 20:41 (спустя 1 день 2 часа, ред. 04-Дек-09 20:41)

привет, а что небуть на linux cluster поставить наидется ?
sumo1974 писал(а):
y_sigal писал(а):
sumo1974 писал(а):
y_sigal писал(а):
а не поделитесь исходными текстами пожалуйста!???
а линда в исходниках тоже есть??
Я слово "тексты", прочитал как "тесты". Думаю, что они долго теперь не появятся: Китаю за эту Г09 забанили академическую лицензию.[/qуоте]
жаль, а я уж обрадовался... [/qуоте]
да в принципе прекрастно с gamess-us & turbomole обоитись можно
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 04-Дек-09 22:09 (спустя 1 час 28 мин.)

vladik117 писал(а):
да в принципе прекрастно с gamess-us & turbomole обоитись можно
Для серьезных задач это несерьезно.
[Профиль]  [ЛС] 

vladik117

Стаж: 16 лет 4 месяца

Сообщений: 10

vladik117 · 04-Дек-09 23:52 (спустя 1 час 42 мин., ред. 04-Дек-09 23:52)

что значит несерьезно? а разве gaussian уже делает excited state properties, gradients and geometries с CCS & CC2 формализмом ?
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 05-Дек-09 00:04 (спустя 12 мин.)

vladik117 писал(а):
что значит несерьезно? а разве gaussian уже делает excited state properties, gradients and geometries с CCS & CC2 формализмом ?
Gaussian не занимается безмозглым сваливанием всякой всячины в одну кучу: чувствуется рука его зачинателя. И еще много чего по этому поводу можно сказать, но не здесь.
[Профиль]  [ЛС] 

vladik117

Стаж: 16 лет 4 месяца

Сообщений: 10

vladik117 · 05-Дек-09 02:42 (спустя 2 часа 38 мин., ред. 05-Дек-09 02:42)

конкретно говори, что значит серьезно и несерьезно, а то гадание на кафеиной гуще получается. есть в Gaussian CC но excited state properties неделает
меня вообще то интересует разные open shell systems своиства а ето неесть несерьезно пока тандем gamess-us & turbomole справляется + коечто свoe на базе шведского Dalton
[Профиль]  [ЛС] 

sdrg

Стаж: 19 лет 2 месяца

Сообщений: 307


sdrg · 09-Дек-09 18:40 (спустя 4 дня, ред. 09-Дек-09 18:40)

Возбужденные состояния в Gaussian можно считать и достаточно точно. open shell - не проблема. Только надо знать как и чем. Также надо иметь ввиду, что разные блоки делают разные группы с разным уровнем. Но здесь, действительно, не место для подробных дискуссий. Но надо учитывать, что Gaussian, как и все прочее, не годится для точных расчетов с тяжелыми атомами (так чтобы в эксперимент, как в яблочко), где еще и базисы расширенные используются. Для этого есть только один пакет - MOLPRO. Он и спин-орбиту приемлемо точно считает (даже не полуэмпирикой). Но достать этот пакет я не смог - только по сотрудничеству доступ есть - так что могу сравнивать.
А если есть gamess-UK, то мы тоже не откажемся
[Профиль]  [ЛС] 

sv1956

Стаж: 16 лет 10 месяцев

Сообщений: 3


sv1956 · 20-Янв-10 12:45 (спустя 1 месяц 10 дней)

Господа ! Понимаю, что офф-топ.... но может поделитесь знаниями по установке данной версии ? можно по эл. почте....ау
[Профиль]  [ЛС] 

Evgenyy2010

Стаж: 15 лет 8 месяцев

Сообщений: 1


Evgenyy2010 · 06-Фев-10 15:08 (спустя 17 дней)

Действительно, господа, поделитесь знаниями по запуску....
распаковал архив на suse 11.1, что делать дальше? где исполняемый файл? как запустить задачу на расчет?
[Профиль]  [ЛС] 

vittaxil

Стаж: 16 лет

Сообщений: 254


vittaxil · 10-Фев-10 21:27 (спустя 4 дня, ред. 10-Фев-10 21:27)

В .bashrc прописал (рабочая папка /home/fix/gaussian, временная /home/fix/scratch):
export GAUSS_EXEDIR=/home/fix/gaussian/g09
export g09root=/home/fix/gaussian
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/fix/gaussian/g09
export PATH=/home/fix/gaussian/g09:$PATH
export GAUSS_SCRDIR=/home/fix/scratch
При расчетах, особенно многоядерных лучше указывать размер выделяемой памяти
Оригинал:
http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?f=11&t=34233&p=274597#p274597
Исполняемый файл - g09
Запуск задачи test.gjf на расчет из содержащей директории - команда в консоли:
g09 < test.gjf > test.out
В общем случае:
g09 < /путь до задачи/test.gjf > /путь до задачи/test.out
Хотя, конечно, все это мало относится к обсуждению раздачи
[Профиль]  [ЛС] 

MaverickXP

Стаж: 16 лет

Сообщений: 10

MaverickXP · 21-Фев-10 00:40 (спустя 10 дней)

romaniz писал(а):
Через пару месяцев купим, а вот считать и быстро уже сейчас нужно. Все равно обладание этой программой без лицензии практически лишено смысла. Ведь полученные результаты нужно публиковать и ссылаться на то, чем они были получены.
Нууу не обязательно так категорично, можно включить в свою статью людей, у которых есть лицензия, они не сильно будут сопротивляться
А виндовые 3 и 9 я отличаются чем-то глобальным??? Имеет смысл выискивать под Win x86?
[Профиль]  [ЛС] 

Fullerene

Стаж: 18 лет 1 месяц

Сообщений: 158


Fullerene · 04-Мар-10 13:07 (спустя 11 дней)

MaverickXP писал(а):
А виндовые 3 и 9 я отличаются чем-то глобальным??? Имеет смысл выискивать под Win x86?
Changes Between Gaussian 09 and Gaussian 03
This section briefly summarizes the major differences between Gaussian 09 and Gaussian 03. See earlier sections of the manual for full details on these features (including references). A retrospective summary of the features of Gaussian versions is available on our website at www.gaussian.com/g_tech/gdiffs.pdf.
New Methods and Features
Energies and Derivatives
A new implementation of recent semi-empirical models, including AM1, PM3, PM3MM, PDDG and PM6, which includes analytic first and second derivatives, user-specifiable parameters, and works with the PCM solvation models.
TD-DFT gradients and numerical frequencies.
Electronic excitation energies using EOM-CCSD.
Many new DFT functionals, including the HSE, wB97, m05/m06, LC- families and the double-hybrid B2PLYP.
Empirical dispersion models are included with the corresponding functionals.
ROMP3, ROMP4, ROCCSD, and ROCCSD(T) energies.
The W1RO, W1BD, and G4 compound methods for energies.
The DFTB semi-empirical model and the DFTBA version using analytic matrix elements.
ONIOM
ONIOM and PCM can be combined. There are several ONIOM+PCM models.
IRCs can now be done with ONIOM, and are efficient even for molecular systems containing thousands of atoms.
Solvation
A new algorithm for PCM solvation, which makes the energy a properly continuous function of the nuclear coordinates and which includes efficient solvation of all SCF properties. Geometry optimizations with PCM now converge at the same rate as the corresponding gas-phase optimizations.
State-specific self-consistent solvation can be done, to model fluorescence and other emission processes.
The SMD solvation model is available. It is parametrized to give good total solvation free energies for over a hundred solvents.
Geometry Optimizations and IRCs
The GEDIIS geometry optimization algorithm, which is the default for minimizations. This is particularly helpful for large, floppy molecules.
Quadratic convergence ONIOM(MO:MM) optimizations, for either mechanical or electronic embedding, and for both minima and transition structures.
An input section can be read to control which atoms are frozen or unfrozen during an optimization. Atoms can be specified by atom, element, residue, or ONIOM layer.
Molecular Properties
Analytic frequency-dependent ROA intensities.
Analytic DFT hyperpolarizabilities.
Electronic excitation, emission, and photoionization band shapes via Franck-Condon theory using harmonic normal modes for the two states.
Electronic excitation band shapes using Herzberg-Teller or Franck-Condon-Herzberg-Teller theory.
Normal modes can be selected for display, for anharmonic corrections, and for use in FC/HT/FCHT analysis. Selection can be by atom, element, ONIOM layer, or residue.
Analysis and Output
Information about protein secondary structure can be included in the molecular specification input and in .fchk files.
Orbital by orbital population analysis can be performed, giving contributions to an orbital by atom and by angular momentum.
Canonical UHF/UDFT orbitals can be biorthogonalized, either for visualization or for use as an initial guess for an ROHF calculation.
Natural Transition Orbital analysis of CIS and TD excitations is available.
Mulliken population analysis can be done after projection of the occupied orbitals onto a minimal basis. This gives stable populations when using extended basis sets.
[Профиль]  [ЛС] 

Paralon

Стаж: 18 лет 2 месяца

Сообщений: 1


Paralon · 10-Мар-10 21:34 (спустя 6 дней, ред. 10-Мар-10 21:34)

пытаюсь запустить это чудо на RHEL Server 5.4, но на моё g09 test out говорит 'command not found'
да и без параметров так же. и под рутом так же...
оп! пардон - не в ту тему написал. пытаюсь запустить x86 версию...
[Профиль]  [ЛС] 

iliapan

Стаж: 15 лет 7 месяцев

Сообщений: 24


iliapan · 11-Мар-10 22:16 (спустя 1 день)

Sonnabend писал(а):
У меня в Ubuntu 9.04 и в Mandriva free 2009.1 останавливается расчет сразу же после чтения геометрических параметров (link 101). На следующий линк не переходит, хоть тресни, ошибок никаких не пишет. В OpenSUSE 11.0 все ок. Все дистрибутивы x86_64, environmental parameters все прописаны. Вопрос: научите, как запустить на убунте или мандриве. Я не то чтобы сильно против сусе, но просто интересно что же я не так делаю.
хмм, у меня на Ubuntu 9.04 конкретно этот дистрибутив нормально считает. А вы права правильно выставили? Если что, пиши те мне в личку, попробуем вместе разобраться.
[Профиль]  [ЛС] 

Cheb87

Стаж: 17 лет 10 месяцев

Сообщений: 6


Cheb87 · 27-Мар-10 19:50 (спустя 15 дней)

В природе существует Gaussian09 под Виндовс?
Скиньте пожалуйста ссылку в ЛС:)
[Профиль]  [ЛС] 

Гость


Гость · 25-Апр-10 05:03 (спустя 28 дней, ред. 25-Апр-10 05:03)

На Ubuntu работать будет? Процессор обязательно AMD (какой?) или можно и Интел? Есть вариант машинки с intel i7, хотелось бы, так быстрее будет я думаю
впервые с гауссианом таким сталкиваюсь, у меня только 03-win версия есть, и то я в ней ламер. нужна помощь!
 

romaniz

Стаж: 16 лет 9 месяцев

Сообщений: 12


romaniz · 25-Апр-10 18:02 (спустя 12 часов)

Цитата:
На Ubuntu работать будет?
да
Цитата:
Процессор обязательно AMD (какой?) или можно и Интел?
любой десктопный выпущенный за последние приблизительно 5 лет
[Профиль]  [ЛС] 

Гость


Гость · 28-Апр-10 02:52 (спустя 2 дня 8 часов)

Можете сказать своё личное мнение? (хоть и не в тему)
Возник вопрос - а что серьёзнее, AMD Phenom II X4 / X6 или Intel i7 860 Линфилд (X4) для этой программы? Точно ли она вообще пойдёт на AMD? (я так и не понял, есть ли программная разница между AMD64 и EM64T - зачем их тогда разными помечают?). Я так и не понял, плавающая точка в Феноме лучше реализована или нет, чем в i7... Кроме того, незаблокированный множитель фенома...
 

mak11

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 45


mak11 · 18-Май-10 15:20 (спустя 20 дней, ред. 18-Май-10 15:20)

Люди а как его заставить на нескольких ядрах считать, у меня их 4, или никак ?
Вот виндовую заставил, спасибо тем кто его выложил. А про это ниче не нашел.
[Профиль]  [ЛС] 
 
Ответить
Loading...
Error