Terannit
Есть несколько вариантов.
Я бы сделал так:
Сначала сконвертировал файл MKV в AVI (DivX 6), потом действовал как обычно. Открываешь AVI в Adobe audition... (или что там у тебя)
Когда аудиодорожка с озвучкой будет готова, открываешь программу MKV Merge.
Кидаешь туда оригинальное видео с оригинальным звуком (временное видео, используемое для озвучки можно удалять, если оно не пригодитьс потом). Туда же добавляешь свою дорожку. Указываешь куда сохранить всё это дело и... вперёд!