Gaussian 2003 Rev. E01 EM64T

Ответить
 

DarkChemist

Стаж: 17 лет 7 месяцев

Сообщений: 31


DarkChemist · 27-Янв-09 22:53 (16 лет 8 месяцев назад, ред. 27-Янв-09 23:03)

Gaussian 2003 Rev. E01 EM64T
Год выпуска: 2007
Версия: Rev. E01
Разработчик: Gaussian, Inc.
Платформа: Linux x86_64
Совместимость с Vista: нет
Системные требования: Memory (RAM): 256 MB (512 MB recommended)
Disk: 500 MB (G03 storage); and 500 MB or more (scratch space)
Таблэтка: Не требуется
Описание: Программа для молекулярного моделирования и квантово-химических расчетов.
Доп. информация: * New keywords for generating hyperfine tensors: Output=SpinRotation (synonym for NMR Output=Pickett), Output=RotationalConstants (synonym for Freq=VibRot Output=Pickett), and Output=QuarticCentrifugal (synonym for Freq=(VibRot,Anharm) Output=Pickett)
* Freq and NMR can now both be on the same route for HF and DFT (not for MP2).
* Improvements in work allocation for shared-memory parallelism in MP2 and the triples part of MP4/CCSD(T).
* The M05 and M05-2X functionals have been added.
Functional Differences in Rev E.01
The keyword "3-21G**" was previously accepted as a basis set. This basis was never defined in the literature, and the keyword put polarization functions on H and second-row atoms but not on first-row atoms, which is not a useful combination. Now this keyword generates an error message. If polarization functions on H and S but not C are really desired, this can still be done using general basis set input.
Bugs Fixed in Rev E.01
* A bug which could cause post-SCF calculations with SCF=Symm on the route to fail was fixed.
* Some memory allocation problems when using file systems with huge block sizes were fixed.
* A problem with the orientation of some tensors produced by Output=Picket when symmetry was in use was fixed.
* BOMD=GradientOnly now works.
* A bug preventing geometry optimization at the MP2 level in the presence of an external electric field has been fixed.
Скриншоты
URL=http://ipicture.ru/] [/URL]
Download
Rutracker.org не распространяет и не хранит электронные версии произведений, а лишь предоставляет доступ к создаваемому пользователями каталогу ссылок на торрент-файлы, которые содержат только списки хеш-сумм
Как скачивать? (для скачивания .torrent файлов необходима регистрация)
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 09-Фев-09 20:57 (спустя 12 дней)

Спасибо!
А ревизия E01 для AMD 64 будет?
[Профиль]  [ЛС] 

Anthony1983

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 2


Anthony1983 · 12-Фев-09 22:14 (спустя 3 дня)

Спасибо ограмное за программу!
А есть ли у кого резил E, под Windows с поддержкой многоядерных процессоров.
Очень надо
Спасибо огромное ВСЕМ!
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 13-Фев-09 00:12 (спустя 1 час 58 мин.)

Anthony1983 писал(а):
А есть ли у кого резил E, под Windows с поддержкой многоядерных процессоров.
Какой смысл? Если только для новичков. Но если очень надо, то с этим вопросом обращайтесь к магу и кудеснику DarkChemist
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 13-Фев-09 21:00 (спустя 20 часов)

E6X5Tcgr писал(а):
А ревизия E01 для AMD 64 будет?
Уже не надо - на AMD X2 4200+ все работает. Спасибо автору раздачи!
[Профиль]  [ЛС] 

Гость


Гость · 15-Фев-09 01:06 (спустя 1 день 4 часа, ред. 15-Фев-09 01:06)

E6X5Tcgr писал(а):
А ревизия E01 для AMD 64 будет?
Уже не надо - на AMD X2 4200+ все работает. Спасибо автору раздачи!
На каком дистрибутиве работает? У меня на Debian 4.04 и Mandriva x64 не работает (
Выдает ошибку libc.so.6.
 

Vesselova Yulia

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 28


Vesselova Yulia · 15-Фев-09 12:40 (спустя 11 часов)

не пашет на Suse11 - в файле .log ругается что Гауссиан открыт для окружающих. При попытке поиграть с permissions - сообщил что permissions denied прямо в терминале.
Другая версия Гауссиана, скомпилированная в другом месте, тем не менее, настраивается.
Что за история с permissions ? (я плакаль)
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 15-Фев-09 16:03 (спустя 3 часа)

fixfizik писал(а):
На каком дистрибутиве работает? У меня на Debian 4.04 и Mandriva x64 не работает (
Выдает ошибку libc.so.6.
На OpenSuSE 11.0
[Профиль]  [ЛС] 

turkuazim

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 5


turkuazim · 17-Фев-09 14:21 (спустя 1 день 22 часа)

hi everybody.
you don't down opensuse 11.0 because of many bugs. You may download opensuse 11.1 (x86_64) versiyon although it has got some bugs. I installed all programming packages during installation.
[Профиль]  [ЛС] 

Vesselova Yulia

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 28


Vesselova Yulia · 17-Фев-09 23:51 (спустя 9 часов)

turkuazim писал(а):
hi everybody.
you don't down opensuse 11.0 because of many bugs. You may download opensuse 11.1 (x86_64) versiyon although it has got some bugs. I installed all programming packages during installation.
не совсем понятен комментарий. какие такие там баги. начиная с версии 10.3 (x86_64) багов стало гораздо меньше. главное, это не пользоваться KDE4, который еще сыроват, мягко говоря, а прямиком устанавливать Гном или KDE3.5. Установочный ДВД качается бесплатно с сайта OpenSuse. Поддержка и решение проблем через форум, обновления всегда в свободном доступе.
помниться, что как то раз здесь выкладывали исходники. Лучше бы объяснили толко как компильнуть при помощи фортрана, который, ксатит, тоже имеется в доступе на данном сайте...
[Профиль]  [ЛС] 

turkuazim

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 5


turkuazim · 18-Фев-09 00:14 (спустя 23 мин.)

I advice 11.1 version opensuse, this version is good. I tried and liked 11.1 and 10.3 linux for gaussian. I do not like 11.0.
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 18-Фев-09 07:00 (спустя 6 часов)

Нашелся первый Gau$$ian-баг: длинные CCSD(T) расчеты вылетают без объяснения причин, как на AMD, так и на Intel.
Предлагаю продолжить дискуссию на специализированном форуме: qchem.ru/f/
[Профиль]  [ЛС] 

DarkChemist

Стаж: 17 лет 7 месяцев

Сообщений: 31


DarkChemist · 18-Фев-09 11:40 (спустя 4 часа)

E6X5Tcgr писал(а):
Нашелся первый Gau$$ian-баг: длинные CCSD(T) расчеты вылетают без объяснения причин, как на AMD, так и на Intel.
Предлагаю продолжить дискуссию на специализированном форуме: qchem.ru/f/
Давайте все-таки дискуссию здесь продолжим
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 18-Фев-09 15:48 (спустя 4 часа)

E6X5Tcgr писал(а):
Нашелся первый Gau$$ian-баг: длинные CCSD(T) расчеты вылетают без объяснения причин, как на AMD, так и на Intel.
Возможен вылет из-за нехватки как оперативной, так и дисковой памяти.
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 18-Фев-09 18:52 (спустя 3 часа)

Цитата:
Возможен вылет из-за нехватки как оперативной, так и дисковой памяти
Вот параметры этого же, но удачно завершившегося расчета (в другой ревизии Gau$$ian):
%Mem=2Gb
...
File lengths (MBytes): RWF= 21047
На Intel и AMD-based компьютерах дискового пространства более 500 Гб, оперативной памяти 4 Гб. Думаю, дело в конкретной версии Gau$$ian. Мелкие расчеты (DFT например) проходят без проблем.
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 18-Фев-09 20:29 (спустя 1 час 36 мин.)

E6X5Tcgr писал(а):
Цитата:
Возможен вылет из-за нехватки как оперативной, так и дисковой памяти
Вот параметры этого же, но удачно завершившегося расчета (в другой ревизии Gau$$ian):
%Mem=2Gb
...
File lengths (MBytes): RWF= 21047
На Intel и AMD-based компьютерах дискового пространства более 500 Гб, оперативной памяти 4 Гб. Думаю, дело в конкретной версии Gau$$ian. Мелкие расчеты (DFT например) проходят без проблем.
Еще возможны следующие причины: транслятор и подключаемые библиотеки. Я лично предпочитаю собственную сборку и динамические линки с библиотеками: скорость возрастает до 30%. Но доступные исходники - это лишь Rev. B05.
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 18-Фев-09 20:36 (спустя 6 мин.)

Надо попробовать сборку B05 Source code + Portland Group Fortran компилятор
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 18-Фев-09 20:56 (спустя 20 мин.)

E6X5Tcgr писал(а):
Надо попробовать сборку B05 Source code + Portland Group Fortran компилятор
Я сделал эту сборку (динамическую), но с Intel-овским транслятором и библиотекой Intel MKL.
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 18-Фев-09 21:33 (спустя 36 мин.)

Цитата:
Я сделал эту сборку (динамическую), но с Intel-овским транслятором и библиотекой Intel MKL.
Не поделитесь авторской раздачей?
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 18-Фев-09 21:46 (спустя 13 мин.)

E6X5Tcgr писал(а):
Цитата:
Я сделал эту сборку (динамическую), но с Intel-овским транслятором и библиотекой Intel MKL.
Не поделитесь авторской раздачей?
Я не против. Но здесь надо с модераторами, как я понял, договариваться и убедить их в том, что эта раздача необходима.
[Профиль]  [ЛС] 

turkuazim

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 5


turkuazim · 18-Фев-09 23:55 (спустя 2 часа 8 мин.)

I can not use B.05 source code.
gaussian give this message:
"Files in the Ga uss ian dire ctory are world accessible. This must be fixed"
how to solve?
thanks in advice.
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 19-Фев-09 00:07 (спустя 12 мин.)

turkuazim писал(а):
I can not use B.05 source code.
gaussian give this message:
"Files in the Ga uss ian dire ctory are world accessible. This must be fixed"
how to solve?
thanks in advice.
А вы превратитесь в администратора.
[Профиль]  [ЛС] 

Vesselova Yulia

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 28


Vesselova Yulia · 19-Фев-09 10:18 (спустя 10 часов)

E6X5Tcgr писал(а):
Цитата:
Возможен вылет из-за нехватки как оперативной, так и дисковой памяти
Вот параметры этого же, но удачно завершившегося расчета (в другой ревизии Gau$$ian):
%Mem=2Gb
...
File lengths (MBytes): RWF= 21047
На Intel и AMD-based компьютерах дискового пространства более 500 Гб, оперативной памяти 4 Гб. Думаю, дело в конкретной версии Gau$$ian. Мелкие расчеты (DFT например) проходят без проблем.
Проблема может быть в том что многие пост-ДФТ расчеты нужно вести с функцией MaxDisk, указывая объем динамической дисковой памяти выделяемой для расчета.
http://www.gaussian.com/g_ur/k_maxdisk.htm
CCSD запросто может потребовать пару десятков гигов только для scratch. И иной раз необходимо указывать в какую папку на диске писать эти скрэтчи - если Гауссиан использует /tmp для этого, то при вылетевшем расчете эти скрэтчи останутся на диске, а потом ищи их свищи...
[Профиль]  [ЛС] 

E6X5Tcgr

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 10

E6X5Tcgr · 19-Фев-09 19:59 (спустя 9 часов)

Цитата:
потом ищи их свищи...
Искать не надо, главное - в профайле прописать
export GAUSS_SCRDIR=/tmp
[Профиль]  [ЛС] 

Vesselova Yulia

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 28


Vesselova Yulia · 20-Фев-09 00:45 (спустя 4 часа)

Граждане ! Вспоможествуйте !
Нет ли у кого приличного source Гауссиана, который можно было бы скомпилировать для Оптеронов x86_64 ?
Прежде выложенная Gaussian 2003 Rev. B05 не компилируется под 64-битный процессор - не узнает архитектуру
https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=903659
[Профиль]  [ЛС] 

y_sigal

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 250


y_sigal · 20-Фев-09 01:44 (спустя 59 мин.)

Vesselova Yulia писал(а):
Граждане ! Вспоможествуйте !
Нет ли у кого приличного source Гауссиана, который можно было бы скомпилировать для Оптеронов x86_64 ?
Прежде выложенная Gaussian 2003 Rev. B05 не компилируется под 64-битный процессор - не узнает архитектуру
https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=903659
В первую очередь ручонками с ia64.make необходимо поработать. Но я сижу на архитектуре Intel.
[Профиль]  [ЛС] 

elenaroschina

Стаж: 16 лет 8 месяцев

Сообщений: 11


elenaroschina · 20-Фев-09 02:54 (спустя 1 час 9 мин.)

Molecular Operating Enviroment
http://www.chemcomp.
com/software-moe2008.htm
need
[Профиль]  [ЛС] 

Vesselova Yulia

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 28


Vesselova Yulia · 20-Фев-09 11:26 (спустя 8 часов)

elenaroschina писал(а):
Molecular Operating Enviroment
http://www.chemcomp.
com/software-moe2008.htm
need
пакет Schroedinger будет посерьезней
[Профиль]  [ЛС] 

Vesselova Yulia

Стаж: 17 лет 6 месяцев

Сообщений: 28


Vesselova Yulia · 20-Фев-09 11:36 (спустя 10 мин.)

y_sigal писал(а):
Vesselova Yulia писал(а):
Граждане ! Вспоможествуйте !
Нет ли у кого приличного source Гауссиана, который можно было бы скомпилировать для Оптеронов x86_64 ?
Прежде выложенная Gaussian 2003 Rev. B05 не компилируется под 64-битный процессор - не узнает архитектуру
https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=903659
В первую очередь ручонками с ia64.make необходимо поработать. Но я сижу на архитектуре Intel.
Да я бы не прочь поковыряться. Но это все не так все просто для меня. Я химию изучаю и претендую на роль Шарплесса в мировой истории, а не Стива Балмера. Могу убить пару месяцев на изучение того как не нужно программировать... и ничего не добиться.
Нет ли у Вас идей, кто бы мог мне прояснить тонкости ковыряния в гауссиановских "потрохах", силь ву пле ?
[Профиль]  [ЛС] 

sdrg

Стаж: 19 лет 2 месяца

Сообщений: 307


sdrg · 20-Фев-09 17:34 (спустя 5 часов, ред. 20-Фев-09 20:13)

Помогите чайнику в Линукс (я в нем пока только пользователем работал, а самому ставить мало чего доводилось).
Я вот suse desktop 10 SP2 64 поставил. Компиляторы установил gcc тоже
Все до пошлости просто - я не знаю как установить этот гауссиан. rpm, deb, run и т.д. расширений я не вижу
команда ./configure; make; make install как в redhat не работает почему то. Хотя, configure и make я в папке и не вижу Пробовал разные другие. Впрочем, я suse первый раз поставил и там это может иначе надо?
Нашел несколько setup файлов в поддирректории. Еще нашел readme.cpp Я не очень понял - это компилятор нужно с этого дистрибутива ставить или нет?
Опишите пожалуйста точно порядок установки, а то как то по неопытности стремно.
Есть версии типа сначало setup linda
Просьба не сильно бить ногами.
Заранее спасибо
[Профиль]  [ЛС] 
 
Ответить
Loading...
Error