algap
Похоже, что проблемы все же с твоей стороны....

Только что ради эксперимента проделал следующие телодвижения:
-- декодировал The Complete MJQ (Disc 1).flac
-- откорректировал cue-файл
-- записал этот сэндвич на болванку
-- вернулся к The Complete MJQ (Disc 1).wav и порезал его на треки в EAC
-- сграбил свою же болванку -- один раз в образ и один раз потреково (с перегоном в mp3)
-- долго думал, что бы еще такого сделать, но не придумал....

На всех этапах воспроизводил файлы в плейере, ни одного сбоя, ни одной лажи замечено не было.
Такие дела...
Удачи!