Gaussian 16 A.03 GNU/Linux AVX2 [2016, ENG]

Ответить
 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 23-Апр-17 14:05 (8 лет 2 месяца назад, ред. 20-Дек-23 19:00)

Gaussian
Год/Дата Выпуска: 2016
Версия: ES64L-G16RevA.03
Разработчик: Gaussian, Inc.
Сайт разработчика: gaussian.com/gaussian16
Разрядность: 64bit
Язык интерфейса: Английский
Таблэтка: не требуется
Системные требования: GNU/Linux x86_64
AVX2-enabled CPU: Haswell, Ryzen and later
NVIDIA Kepler GPU (optionally): Geforce GTX TITAN {, Black, Z}, Quadro K6000, Tesla K{40, 80}
Описание: Gaussian - популярная программа для вычислений, связанных с электронной структурой вещества.
Свободная альтернатива: ORCA, GAMESS US, NWChem
Установка
Код:
mkdir -p $HOME/opt/gaussian/scr
export g16root=$HOME/opt/gaussian
tar xvjf G16-A03-AVX2.tbz -C $g16root
export GAUSS_EXEDIR=$g16root/g16
export GAUSS_SCRDIR=$g16root/scr
chmod -R 700 $GAUSS_EXEDIR
cd $GAUSS_EXEDIR
./bsd/install
Запуск расчета:
Код:
$GAUSS_EXEDIR/g16 example.inp
Graphical User Interface: https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=5392873
G16 for older CPUs: https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=5468050
Скриншоты
Download
Rutracker.org не распространяет и не хранит электронные версии произведений, а лишь предоставляет доступ к создаваемому пользователями каталогу ссылок на торрент-файлы, которые содержат только списки хеш-сумм
Как скачивать? (для скачивания .torrent файлов необходима регистрация)
[Профиль]  [ЛС] 

Highlander83

Стаж: 17 лет 9 месяцев

Сообщений: 34

Highlander83 · 23-Апр-17 16:32 (спустя 2 часа 27 мин.)

Мужик, спасибо. А случаем Terachem`a последнего нет?)
[Профиль]  [ЛС] 

Highlander83

Стаж: 17 лет 9 месяцев

Сообщений: 34

Highlander83 · 23-Апр-17 19:41 (спустя 3 часа)

Mizuchi
А Что нить из Qchem Turbomole?
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 23-Апр-17 20:04 (спустя 22 мин., ред. 01-Апр-18 14:43)

Highlander83
Достать turbomole малореально, достать q-chem невозможно почти наверняка.
UPD1
Turbomole: https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=5403221
Q-Chem: https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=5471522
UPD2
TeraChem: https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=5536608
[Профиль]  [ЛС] 

voland54

Стаж: 15 лет 5 месяцев

Сообщений: 37

voland54 · 24-Апр-17 18:20 (спустя 22 часа)

под сентозой с теми же правами что и 09, выбивает без указания причин после строки -scrdir="....
может какие особенности7
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 24-Апр-17 19:29 (спустя 1 час 8 мин.)

voland54
Переменная GAUSS_SCRDIR задана? Если да, то хотелось бы видеть input файл.
[Профиль]  [ЛС] 

voland54

Стаж: 15 лет 5 месяцев

Сообщений: 37

voland54 · 24-Апр-17 19:50 (спустя 20 мин.)

использую щирокоизвестный скрипт
#!/bin/sh
# ------------------------------------------------
PROGRAM_PATH="/usr/local/qchem64l/g09_a01_64"
PROGRAM_EXEC="g09"
CALC_PATH="/research"
TEMPORARY_PATH="/tmp"
INPUT_EXTENTION=".gjf"
OUTPUT_EXTENTION=".log"
# ------------------------------------------------
clear
echo "2016"
echo
GAUSS_EXEDIR=$PROGRAM_PATH
GAUSS_SCRDIR=$TEMPORARY_PATH
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$GAUSS_EXEDIR
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH
cd $CALC_PATH
for INPUT_FILE in *${INPUT_EXTENTION}; do
OUTPUT_FILE=${INPUT_FILE%${INPUT_EXTENTION}}${OUTPUT_EXTENTION}
echo
echo [`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] "Starting for \"$INPUT_FILE\""
if [ -e $OUTPUT_FILE ];
then
echo "#Error:" $OUTPUT_FILE "exist!"
else
$PROGRAM_PATH/$PROGRAM_EXEC $CALC_PATH/$INPUT_FILE
bzip2 $INPUT_FILE $OUTPUT_FILE
echo "[`date "+%Y-%m-%d, %H:%M:%S"`] Calculation complete!"
sleep 1
fi
done
# ------------------------------------------------
инпут без особенностей
%mem=1100mb
%nprocs=3
%chk=6-31g1_b3lyp_21
# b3lyp/gen opt scf(maxcycle=1000) scrf=(cpcm,solvent=Chloroform)
opt scf(maxcycle=1000)
0 1
заранее сенкс
[Профиль]  [ЛС] 

woodpecker_

Стаж: 10 лет 10 месяцев

Сообщений: 117


woodpecker_ · 24-Апр-17 20:05 (спустя 15 мин.)

voland54
Запускается один к одному, как и g09: может, где-то g09 забыли заменить на g16. И скрипт для инициализации переменных для счета намного проще.
[Профиль]  [ЛС] 

voland54

Стаж: 15 лет 5 месяцев

Сообщений: 37

voland54 · 24-Апр-17 20:21 (спустя 15 мин., ред. 24-Апр-17 20:21)

woodpecker_ писал(а):
72980578voland54
Запускается один к одному, как и g09: может, где-то g09 забыли заменить на g16. И скрипт для инициализации переменных для счета намного проще.
да, есть много вариантов скриптов, этот позволяет проводить серию расчётов с архивацией результатов....
ж16 запускается, но останов перед Default CPUs for threads:... может уйдём в личку, не засоряя тему7
[Профиль]  [ЛС] 

Highlander83

Стаж: 17 лет 9 месяцев

Сообщений: 34

Highlander83 · 25-Апр-17 04:28 (спустя 8 часов, ред. 25-Апр-17 04:28)

Mizuchi
Буду премного благодарен, если вдруг у вас появится Terachem. Ну и вы с ним поделитесь)
voland54
забавные у вас пути
Цитата:
PROGRAM_PATH="/usr/local/qchem64l/g09_a01_64"
У вас случаем не будет этого самого ку кема?) буду благодарен
[Профиль]  [ЛС] 

voland54

Стаж: 15 лет 5 месяцев

Сообщений: 37

voland54 · 25-Апр-17 12:32 (спустя 8 часов)

Highlander83 писал(а):
72982862Mizuchi
Буду премного благодарен, если вдруг у вас появится Terachem. Ну и вы с ним поделитесь)
voland54
забавные у вас пути
Цитата:
PROGRAM_PATH="/usr/local/qchem64l/g09_a01_64"
У вас случаем не будет этого самого ку кема?) буду благодарен
пути не мои, привёл оригинал скрипта с химфорума,там тоже их сочли экзхотическими...
кьюкэма нема
моя проблемка, скорее всего, в неподдержке avx 2.0 моим i5-3570k, так что вопрос снимается, всем спасибо.
[Профиль]  [ЛС] 

telesvin

Стаж: 14 лет 7 месяцев

Сообщений: 2


telesvin · 25-Апр-17 15:24 (спустя 2 часа 52 мин.)

На Debian не запускается. "ILLEGAL INSTRUCTION" Танцы с бубном вокруг переменных и т.д. ничего не дали. Видимо - железозависимый софт. Инструкция "./bsd/install" проработала секунду и вышла с сообщением "INSTALLED"
[Профиль]  [ЛС] 

Highlander83

Стаж: 17 лет 9 месяцев

Сообщений: 34

Highlander83 · 25-Апр-17 19:04 (спустя 3 часа)

voland54
Да пора уже переходить на видеокарты. Процессоры уже выглядят как динозавры.
[Профиль]  [ЛС] 

voland54

Стаж: 15 лет 5 месяцев

Сообщений: 37

voland54 · 25-Апр-17 19:34 (спустя 29 мин.)

Highlander83 писал(а):
72986462voland54
Да пора уже переходить на видеокарты. Процессоры уже выглядят как динозавры.
если с запятыми порядок, то
[Профиль]  [ЛС] 

a-ravil

Стаж: 16 лет 2 месяца

Сообщений: 10


a-ravil · 26-Апр-17 13:33 (спустя 17 часов)

Народ, поседите кто-нибудь на раздаче
После скачивания сам обещаю пораздовать.
Спасибо.
[Профиль]  [ЛС] 

DarkChemist

Стаж: 17 лет 4 месяца

Сообщений: 31


DarkChemist · 26-Апр-17 21:20 (спустя 7 часов, ред. 26-Апр-17 21:20)

на процессорах без avx2 не пойдет?
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 26-Апр-17 22:08 (спустя 47 мин.)

DarkChemist
Получишь ошибку Invalid instruction
[Профиль]  [ЛС] 

lWarZl

Стаж: 14 лет 10 месяцев

Сообщений: 12

lWarZl · 04-Май-17 03:10 (спустя 7 дней, ред. 04-Май-17 03:10)

"No executable for file l1.exe.
Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/myusername/opt/gaussian/g16"
: No such file or directory
Segmentation fault (core dumped)"
Такая же проблема как у забугорного сударя.
Я в линуксах нуб, помогите как решить данную проблему(обновление по через строку ну помогло).
з.ы. и как через виндовскую bash строку перенести вычисления и прочие файлы в процессе с системного ssd(C) на обычный HDD(D)
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 04-Май-17 11:11 (спустя 8 часов)

lWarZl
Тот же вопрос, что и к забугорному коллеге: что выдает команда
ls ~/opt/gaussian
?
[Профиль]  [ЛС] 

woodpecker_

Стаж: 10 лет 10 месяцев

Сообщений: 117


woodpecker_ · 07-Май-17 10:57 (спустя 2 дня 23 часа, ред. 07-Май-17 18:42)

Скорость g16 почти в 4 раза выше, чем на процессорах, не поддерживающих AVX2 для g09 d.01.
[Профиль]  [ЛС] 

axon8

Стаж: 16 лет 2 месяца

Сообщений: 185

axon8 · 10-Май-17 08:08 (спустя 2 дня 21 час)

Для ознакомления -- как Гауссиан любит своих пользователей и научных сотрудников.
I'm just gonna leave this here: http://www.bannedbygaussian.org/
Если можно, у нас считают в ORCA.
[Профиль]  [ЛС] 

rutkjk

Стаж: 14 лет 5 месяцев

Сообщений: 79


rutkjk · 30-Май-17 00:30 (спустя 19 дней)

axon8 писал(а):
73083683Для ознакомления -- как Гауссиан любит своих пользователей и научных сотрудников.
I'm just gonna leave this here: http://www.bannedbygaussian.org/
Если можно, у нас считают в ORCA.
Трэш какой! Причём банят за Publish timing comparisons with your favorite program. Вот уроды. А я еще хотел уговорить шефа купить их последнюю версию.
[Профиль]  [ЛС] 

Rige11

Стаж: 15 лет 4 месяца

Сообщений: 3


Rige11 · 30-Май-17 20:10 (спустя 19 часов)

Какие планы насчет Win? Планируется ли раздача, и когда ее можно будет ожидать?
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 08-Июн-17 22:12 (спустя 9 дней)

sohailqamar0
You want much more than I can, buddy.
[Профиль]  [ЛС] 

VIPer(FLA)

Стаж: 16 лет 11 месяцев

Сообщений: 82

VIPer(FLA) · 14-Июн-17 02:25 (спустя 5 дней)

вопрос такой, если поставить сборку на линукс внутри вин10, все ядра будут доступны для расчётов или как в случае с вин-сборками (максимум 4)?
[Профиль]  [ЛС] 

voland54

Стаж: 15 лет 5 месяцев

Сообщений: 37

voland54 · 16-Июн-17 14:45 (спустя 2 дня 12 часов)

VIPer(FLA) писал(а):
73293113вопрос такой, если поставить сборку на линукс внутри вин10, все ядра будут доступны для расчётов или как в случае с вин-сборками (максимум 4)?
Как показал опыт, гауссиан е01 работает в линуксовой виртуальной машине в 1,5 раза быстрее, чем под башем убунту в 10ке. в первом случае Вы вольны отдать виртуалке с линуксом желаемое число ядер.
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 24-Июн-17 17:37 (спустя 8 дней)

rollcage89
It seems only Skylake processors don't have this bug and may execute AVX2 via the Bash on Ubuntu on Windows environment. Well, I'll correct the topic.
Currently, the best choice is to install a second UNIX-like system. A virtual machine such as VMWare can be used as well, but performance may decrease.
[Профиль]  [ЛС] 

v_ex

Стаж: 14 лет 7 месяцев

Сообщений: 5


v_ex · 26-Июн-17 14:12 (спустя 1 день 20 часов)

Коллеги, скорости бы... м?)
Спасибо)
Dear all, please do not leave the seeding =)
Thank you!
[Профиль]  [ЛС] 

elhan9393

Стаж: 10 лет 3 месяца

Сообщений: 5


elhan9393 · 16-Сен-17 13:53 (спустя 2 месяца 19 дней)

Ребята помогите с установкой пожалуйста! На линукс впервые. Не знаю какойисполняющий фал запускать в терминале.
[Профиль]  [ЛС] 

Mizuchi

Стаж: 15 лет 6 месяцев

Сообщений: 413


Mizuchi · 17-Сен-17 15:35 (спустя 1 день 1 час)

elhan9393
Добавил описание установки в шапку.
[Профиль]  [ЛС] 
 
Ответить
Loading...
Error