Для резки HD файлов так и SD, я пользуюсь программой
VideoReDo.TVSuite.v4.20.6.612
Выглядит в работе так.
Там всё интуитивно понятно. Программа режет с точностью до кадра. Видно в верхнем окне то что режете. Отмечаете фрагмент который хотите вырезать или оставить кнопками
Sel.Start и
Sel.End. Затем подтверждаете ваше действие кнопкой
Cut Select или
Trim Unselect. Если ошиблись в действии, можно отменить выделение кнопкой справа
Remove Select Cuts. Если всё ОК и готовы сохранить выделенный фрагмент, то жмёте
Save As, и программа предлагает сохранить файл в том формате как есть (ts), либо в каком-то другом, например mpeg, m2ts. Всё то, что выделено зелёным цветом по проставленным меткам останется, а красным вырежется.