|
|
|
elenaroschina
Стаж: 16 лет 8 месяцев Сообщений: 11
|
elenaroschina ·
21-Фев-09 03:36
(16 лет 7 месяцев назад)
Vesselova Yulia писал(а):
Schroedinger
Schroedinger link ?
|
|
|
|
DarkChemist
Стаж: 17 лет 7 месяцев Сообщений: 31
|
DarkChemist ·
21-Фев-09 11:07
(спустя 7 часов)
elenaroschina писал(а):
Schroedinger link ?
Поиск рулит
|
|
|
|
elenaroschina
Стаж: 16 лет 8 месяцев Сообщений: 11
|
elenaroschina ·
21-Фев-09 11:47
(спустя 39 мин.)
Schrödinger Suite 2008 ?
many thanx
|
|
|
|
elenaroschina
Стаж: 16 лет 8 месяцев Сообщений: 11
|
elenaroschina ·
21-Фев-09 12:18
(спустя 31 мин.)
Schroedinger Windows or Linux
|
|
|
|
DarkChemist
Стаж: 17 лет 7 месяцев Сообщений: 31
|
DarkChemist ·
21-Фев-09 12:27
(спустя 8 мин.)
Код:
http://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=1306665
|
|
|
|
Гость
|
Гость ·
21-Фев-09 15:49
(спустя 3 часа)
sdrg писал(а):
Помогите чайнику в Линукс (я в нем пока только пользователем работал, а самому ставить мало чего доводилось).
Я вот suse desktop 10 SP2 64 поставил. Компиляторы установил gcc тоже
Все до пошлости просто - я не знаю как установить этот гауссиан. rpm, deb, run и т.д. расширений я не вижу
команда ./configure; make; make install как в redhat не работает почему то. Хотя, configure и make я в папке и не вижу Пробовал разные другие. Впрочем, я suse первый раз поставил и там это может иначе надо?
Нашел несколько setup файлов в поддирректории. Еще нашел readme.cpp Я не очень понял - это компилятор нужно с этого дистрибутива ставить или нет?
Опишите пожалуйста точно порядок установки, а то как то по неопытности стремно.
Есть версии типа сначало setup linda
Просьба не сильно бить ногами.
Заранее спасибо
Во-первых, UNIX Binary Gaussian 03 Installation Instructions - http://www.gaussian.com/g_tech/install_notes.htm ,
во-вторых, в интернете достаточно подобных инструкций для установки из бинарников. Вот можешь посмотреть:
http://liuenbo.com/node/16 - описание установки Gau$$ian & Gau$$view под Linux.
|
|
|
|
Anthony1983
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 2
|
Anthony1983 ·
14-Мар-09 22:53
(спустя 21 день, ред. 14-Мар-09 22:53)
DarkChemist!
А есть ли у тебя резил E, под Windows с поддержкой многоядерных процессоров?
|
|
|
|
DarkChemist
Стаж: 17 лет 7 месяцев Сообщений: 31
|
DarkChemist ·
15-Мар-09 13:16
(спустя 14 часов)
Anthony1983 писал(а):
DarkChemist!
А есть ли у тебя резил E, под Windows с поддержкой многоядерных процессоров?
Нету 
|
|
|
|
Гость
|
Гость ·
22-Мар-09 02:37
(спустя 6 дней)
DarkChemist писал(а):
Anthony1983 писал(а):
DarkChemist!
А есть ли у тебя резил E, под Windows с поддержкой многоядерных процессоров?
Нету
А собственно зачем? Я под виндой на VMwareWorkstation поставил OpenSUSE 11.1 x86_64 на машину с Phenom X3. Даже в таком варианте используются до 2х ядер (ограничено версией VMware). Проигрыш (но он невелик) только при работе с диском. Время расчета в разы больше чем при расчете под виндой, а иного и не надо.
|
|
|
|
E6X5Tcgr
Стаж: 16 лет 8 месяцев Сообщений: 10
|
E6X5Tcgr ·
22-Мар-09 08:46
(спустя 6 часов)
Цитата:
Я под виндой на VMwareWorkstation поставил OpenSUSE 11.1 x86_64
Отличный вариант для домашнего использования, полностью поддерживаю!
|
|
|
|
y_sigal
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 250
|
y_sigal ·
22-Мар-09 18:30
(спустя 9 часов)
fixfizik писал(а):
DarkChemist писал(а):
Anthony1983 писал(а):
DarkChemist!
А есть ли у тебя резил E, под Windows с поддержкой многоядерных процессоров?
Нету
А собственно зачем? Я под виндой на VMwareWorkstation поставил OpenSUSE 11.1 x86_64 на машину с Phenom X3. Даже в таком варианте используются до 2х ядер (ограничено версией VMware). Проигрыш (но он невелик) только при работе с диском. Время расчета в разы больше чем при расчете под виндой, а иного и не надо.
Дык, а если 4 ядра? Да и памяти для использования в расчете меньше получаем. Это не выход для расчетных задач.
|
|
|
|
Гость
|
Гость ·
10-Апр-09 00:06
(спустя 18 дней)
Существует ли какой-нибудь GUI для G03, чтобы как в версии для Windows можно было приостанавливать расчет? Я смог приостановить расчет только с помощью гибернации на витртуальной машине...
|
|
|
|
xNick
Стаж: 17 лет 10 месяцев Сообщений: 23
|
xNick ·
09-Май-09 01:08
(спустя 29 дней)
А исходников у вас случайно не найдется? Очень уж хочется на мак установить, а все предыдущие версии не ставятся на него..(
|
|
|
|
vladik117
Стаж: 16 лет 5 месяцев Сообщений: 10
|
vladik117 ·
22-Май-09 11:07
(спустя 13 дней)
спасибо! а мозет кто turbomole владеет?
|
|
|
|
Vesselova Yulia
Стаж: 17 лет 6 месяцев Сообщений: 28
|
Vesselova Yulia ·
22-Май-09 23:46
(спустя 12 часов)
vladik117 писал(а):
спасибо! а мозет кто turbomole владеет?
Turbomole mojno skachat' v vide trial version s ihnego saita, Cosmologic ili kak tam bish' ego. Odnako, oni vshili v tu versiu ogranichenie na kolichestvo atomov.
|
|
|
|
Гость
|
Гость ·
25-Май-09 22:44
(спустя 2 дня 22 часа)
Vesselova Yulia писал(а):
vladik117 писал(а):
спасибо! а мозет кто turbomole владеет?
Turbomole mojno skachat' v vide trial version s ihnego saita, Cosmologic ili kak tam bish' ego. Odnako, oni vshili v tu versiu ogranichenie na kolichestvo atomov.
как и в molpro вшили
|
|
|
|
Ruthenium
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 4
|
Ruthenium ·
01-Июн-09 21:51
(спустя 6 дней, ред. 01-Июн-09 21:51)
Еще раз спасибо, DarkChemist! Недавно, наконец, дошли руки до тестирования данного релиза, при этом была обнаружена странная особенность. При проведении SMP расчётов на Core 2 Duo (без использования рэйд-массива) при выставлении nproc=2 достигается 100% загрузка CPU, но в результате наблюдается не ускорение, а замедление расчетов. Замедление составляет ~ 30% (10-50%) по сравнению с однопроцессорным вариантом проведения. Данная ситуация проявляется на широком круге методов (HF, DFT, MP-n, CCSD). ОС – Ubuntu 8.10 x86-64 (2.6.27) и более ранние версии; ФС – ReiserFS и XFS. Сталкивался ли кто-либо с этой проблемой?
|
|
|
|
DarkChemist
Стаж: 17 лет 7 месяцев Сообщений: 31
|
DarkChemist ·
02-Июн-09 08:44
(спустя 10 часов)
Ruthenium писал(а):
Еще раз спасибо, DarkChemist! Недавно, наконец, дошли руки до тестирования данного релиза, при этом была обнаружена странная особенность. При проведении SMP расчётов на Core 2 Duo (без использования рэйд-массива) при выставлении nproc=2 достигается 100% загрузка CPU, но в результате наблюдается не ускорение, а замедление расчетов. Замедление составляет ~ 30% (10-50%) по сравнению с однопроцессорным вариантом проведения. Данная ситуация проявляется на широком круге методов (HF, DFT, MP-n, CCSD). ОС – Ubuntu 8.10 x86-64 (2.6.27) и более ранние версии; ФС – ReiserFS и XFS. Сталкивался ли кто-либо с этой проблемой?
Я наблюдал только ускорение. Может он у вас свопится постоянно?
|
|
|
|
Ruthenium
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 4
|
Ruthenium ·
03-Июн-09 02:38
(спустя 17 часов, ред. 03-Июн-09 02:38)
Swap или не используется вообще или обращение к нему минимально (в обоих режимах).
|
|
|
|
DarkChemist
Стаж: 17 лет 7 месяцев Сообщений: 31
|
DarkChemist ·
03-Июн-09 23:39
(спустя 21 час)
А какими методами считаете?
|
|
|
|
Ruthenium
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 4
|
Ruthenium ·
06-Июн-09 22:25
(спустя 2 дня 22 часа)
Методы те же, что и указаны выше (HF, DFT, MP-n, CCSD) с разными базисами. Качественно поведение везде одинаковое. При беглом просмотре out-файлов можно заметить, что замедление, по всей видимости, относится ко всем линкам.
Всё это же наблюдается и в Ubuntu 9.04 (2.6.28).
|
|
|
|
goundoun
Стаж: 17 лет 10 месяцев Сообщений: 4
|
goundoun ·
13-Июн-09 22:14
(спустя 6 дней)
turkuazim писал(а):
I can not use B.05 source code.
gaussian give this message:
"Files in the Ga uss ian dire ctory are world accessible. This must be fixed"
how to solve?
thanks in advice.
chmod -r a-rwx g03/*
какта таг
|
|
|
|
y_sigal
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 250
|
y_sigal ·
15-Июн-09 12:17
(спустя 1 день 14 часов)
Только что появился Gaussian 09.
|
|
|
|
Гость
|
Гость ·
15-Июн-09 18:50
(спустя 6 часов)
Класс! Да и сайт обновился.
А вот здесь можно посмотреть Хэлп
http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Судя по описанию параллелится как на Windows, так и на классическом UNIX.
Отличия по сравнению с GAUSSIAN 03:
-добавлены полуэмпирические методы (PDDG, PM6 и др.)
-расчёт электронно-возбуждённых уровней по методу EOM-CCSD
-улучшена процедура TD-DFT
-в DFT появились новые функционалы, в том числе и гибридного типа, например B2PLYP
-расчёт энергий с использованием ROMP3, ROMP4, ROCCSD и ROCCSD(T) методов
-новые высокоточные оценочные гибридные методы W1RO, W1BD и G4
-соединён гибридный метод ONIOM с PCM для моделей сольватации
и др.
P.S. Осталось дождаться, чтобы он попал в пиринговую сеть
|
|
|
|
y_sigal
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 250
|
y_sigal ·
15-Июн-09 20:35
(спустя 1 час 45 мин., ред. 21-Июл-09 01:30)
vasis7 писал(а):
... Осталось дождаться, чтобы он попал в пиринговую сеть
...
|
|
|
|
y_sigal
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 250
|
y_sigal ·
16-Июн-09 12:18
(спустя 15 часов)
snik99 писал(а):
хорошо быть в исходных текстах сию программу достать
потому как платформы для счета у всех разные...
Версия B05: _ https://rutr.life/forum/viewtopic.php?t=903659
|
|
|
|
sdrg
Стаж: 19 лет 2 месяца Сообщений: 307
|
sdrg ·
07-Июл-09 19:30
(спустя 21 день, ред. 08-Июл-09 13:28)
Да в сети она действительно долго точно не появится. Реальный путь - это когда по сотрудничеству куда-нибудь кто то едет и там всякими изощрениями комуниздит ее и потом выкладывает в узком кругу. А тех кто этими расчетами занимается да еще и с p2p знаком, да и альтруист по натуре маловато будет. К тому же не все спешат обновлять. Тут недавно ездил в непоследний забугорный университет, так там еще C01 стоит в большинстве лабораторий.
|
|
|
|
piker99
Стаж: 16 лет 3 месяца Сообщений: 4
|
piker99 ·
15-Июл-09 10:25
(спустя 7 дней)
sdrg писал(а):
Да в сети она действительно долго точно не появится. Реальный путь - это когда по сотрудничеству куда-нибудь кто то едет и там всякими изощрениями комуниздит ее и потом выкладывает в узком кругу. А тех кто этими расчетами занимается да еще и с p2p знаком, да и альтруист по натуре маловато будет. К тому же не все спешат обновлять. Тут недавно ездил в непоследний забугорный университет, так там еще C01 стоит в большинстве лабораторий.
Так кризис же  Да и деньги они умеют считать....Пока какой-нибудь из наших не убедит, что это действительно нужно-они и ногой не пошевелят...
|
|
|
|
piker99
Стаж: 16 лет 3 месяца Сообщений: 4
|
piker99 ·
15-Июл-09 10:32
(спустя 6 мин.)
Услуги Гуггла принесли такой результат http://www.fullreleasez.biz/search.php?q=gaussian 09 Оказывается, уже лежит на "буржуйских" торрентах
|
|
|
|
y_sigal
Стаж: 16 лет 11 месяцев Сообщений: 250
|
y_sigal ·
15-Июл-09 10:49
(спустя 17 мин.)
Эти подставы появились на следующий день после появления gaussian 09, как появляются сразу появления и других программ. Вы что, не знали?
|
|
|
|
